Die Struktur des Protons wurde schon in frühren Experimenten erforscht. Es besteht aus drei Haupt- und "Valenz"- Quarks, die durch sehr starke Kräfte aneinander gebunden sind. Diese Kräfte können durch den Austausch von "Gluonen" dargestellt werden. Die Gluonen verwandeln sich gelegentlich in Quark-Antiquark-Paare. Solche Paare und auch Gluonen sind in großer Zahl im Proton anwesend. Beim Zusammenstoß eines Elektrons und eines Protons kommt es auch zu Kollision mit den Valenzquarks und mit den anderen Bestandteilen des Protons. Dabei können zusätzlich Teilchen erzeugt werden. Die Untersuchung all dieser Vorgänge ist das Ziel der HERA-Experimente.
